Nasce a Pistoia il 25 maggio 1812. Studia medicina a Pisa, dove si laurea nel 1840. Ancora studente si appassiona all’anatomia microscopica e scopre in una mano che sta sezionando la presenza di corpuscoli tattili, trovati in seguito anche nella cavità addominale, che da lui si denomineranno corpuscoli del Pacini. Nel 1847 insegna anatomia descrittiva al Liceo di Firenze e nel 1849 diventa direttore del Museo anatomico e professore di anatomia topografica. Nel 1845 nel corso di un’epidemia di colera a Firenze, scopre nelle feci di malati e nell’intestino di cadaveri, il vibrione colerico che descriverà nelle”Osservazioni microscopiche e deduzioni patologiche sul colera asiatico”in cui sostiene la contagiosità della malattia che consiglia di curare, tra l'altro, con endovenose di soluzione salina. Al Pacini si devono, inoltre, importanti ricerche sull’istologia patologica dell’apparato gastro enterico dei colerosi e sulla diffusione della malattia attraverso le deiezioni non disseccate e attraverso l’inquinamento delle acque per contiguità di fogne. Pacini muore in povertà a Firenze il 9 luglio 1883.